Zoquite viene de la voz náhuatl Zoquitl, que significa Lodo. Durante el virreinato esta se castellanizó como Zoquetal: lugar donde hay Lodo.
Tambien se dice que la comunidad recibió este nombre porque constantemente las áreas de pastoreo se inundaban formando anegas que dificultaban el tránsito de los hatos.